Насамперед перевірте правильність розташування лінії порогу. Вона має проходити вище фону, у зоні експоненціального зростання сигналу. Якщо виробник надав рекомендовану позицію трешхолду, обов’язково використовуйте ці налаштування для коректного аналізу. Також звертайте увагу на форму кривих ампліфікації, стабільність Ct значень для калібраторів і стандартів та наявність ампліфікації внутрішнього контролю у відповідних зразках.