До найпоширеніших інгібіторів ПЛР належать фенол, сечовина, гепарин, гумінові кислоти, гемоглобін та нуклеази. Ці речовини можуть потрапити до зразка з початкового матеріалу, в результаті підготовки/екстракції, або ж через контаміновані розхідні матеріали.